Après la victoire et le démantèlement de la cellule Centipede d'HYDRA et l'effondrement du SHIELD, Phil Coulson se donne pour mission de reconstruire l'agence de renseignement.

Beaucoup de personnes sont mortes, et après la trahison de Ward, le nouveau directeur de l'agence ne sait plus à qui se fier.

D'autant qu'HYDRA est non seulement toujours actif, mais n'a aussi absolument aucune intention de les lâcher.

Coulson engage donc de nouvelles recrues pour combattre cet ennemi plus puissant que jamais, mais la tâche n'est pas facile avec le Général Talbot à leurs trousses.

Sans compter que de nouveaux invités surprises sont de la partie....