Un an a passé depuis la défaite de Graviton et le décès de Coulson et l'équipe est divisée en deux.

Dans l'espace, Daisy et Jemma sont à la recherche du vaisseau où se trouve Fitz qui est cryogénisé.

Sur Terre, Mack doit à présent assumer les commandes et enquêter sur d'étranges évènements qui se produisent à travers le pays et qui semblent en lien avec une équipe alien dont le chef n'est autre que la copie de Coulson.

Mais il ne faut pas beaucoup de temps pour que les agents du SHIELD réalisent que ce Coulson-ci n'a rien à voir avec leur ancien directeur.

En outre, le SHIELD devra aussi affronter de nouveaux ennemis : les Hurleurs et les Chronicoms.