En 2029, alors que les mutants sont en voie d'extinction, Logan vit discrètement comme chauffeur de limousine.

Il veille cependant sur son vieil ami le professeur Charles Xavier, très affaibli, vivant dans un repaire caché proche de la frontière américano-mexicaine, avec l'aide de Caliban, un des derniers mutants encore en vie.

Mais Logan va bientôt devoir sortir de sa retraite pour aider Laura, une petite fille traquée par de dangereux individus, qui possède des pouvoirs similaires à ceux de Wolverine.