À la suite de sa participation à l'affrontement entre Iron Man et Captain America, Peter Parker, un jeune lycéen fréquentant le lycée de Midtown, continue à se servir de ses pouvoirs sous le masque de Spider-Man pour lutter contre la criminalité qui ronge la ville de New York, tout en essayant de trouver un équilibre entre sa vie de lycéen, son amour secret pour Liz, son ami Ned Leeds, et sa carrière de super-héros masqué.

Mais avec la venue d'un nouveau super-vilain nommé le Vautour équipé d'un exosquelette créé à partir de technologie Chitauri (récupérée après la bataille de New York), Peter doit faire ses preuves en affrontant ce dernier pour prouver à Tony Stark qu'il peut être un atout pour l'équipe des Avengers.