Dans un camp de concentration en 1944.

Séparé par la force de ses parents, le jeune Erik Magnus Lehnsherr se découvre d'étranges pouvoirs sous le coup de la colère.

Il peut contrôler les métaux. C'est un mutant.

Soixante ans plus tard, l'existence des mutants est reconnue, mais provoque toujours un vif émoi au sein de la population.

Puissant télépathe, le professeur Charles Xavier dirige une école destinée à recueillir ces êtres différents.