En 1975, Jean Grey provoque un accident de voiture qui tue sa mère et blesse son père.

Terrorisée et orpheline, la fillette est recueillie par le Professeur Xavier, qui lui présente son Institut.

1992. Neuf ans après les événements liés à l'attaque d'Apocalypse, les X-Men sont devenus des héros.

Charles Xavier envoie son équipe sur des missions de plus en plus dangereuses.

À la demande du Président des États-Unis, ils sont envoyés dans l'espace, à la rescousse des passagers de la navette Endeavour, apparemment prise dans une éruption solaire.

Jean est presque tuée lorsqu’elle est frappée par une mystérieuse force cosmique. Une fois rentrée chez elle, cette force la rend non seulement infiniment plus puissante, mais aussi beaucoup plus instable.

En lutte avec cette entité en elle, Jean libère ses pouvoirs d’une manière qu’elle ne peut ni comprendre ni contenir.

Alors que Jean devient incontrôlable et fait du mal à ceux qu’elle aime le plus, elle commence à démêler le tissu même qui unit les X-Men.

Maintenant, avec cette famille en train de s’effondrer, les X-Men doivent trouver un moyen de s’unir non seulement pour sauver l’âme de leur amie Jean, mais aussi pour sauver la Terre des extraterrestres qui souhaitent s’armer de cette force et gouverner la galaxie.